Под руководством директора, академика Л. А. Бокерия разработаны и внедрены новые курсы, для реализации федеральной целевой программы Правительства РФ по совершенствованию оказания медицинской помощи больным с сосудистыми заболеваниями. 

1. Новые курсы последипломного повышения квалификации врачей 
2. Реконструктивная хирургия аорты и её магистральных ветвей. Аневризмы аорты и комплексный подход к их диагностике и лечению.
3. Ультразвуковое исследование в диагностике заболеваний магистральных и церебральных сосудов. 
4. Возможности современной кардиологии в профилактике, диагностике и лечении острого коронарного синдрома.
5. Клиническая Эхокардиография. 
6. Новое в диагностике инфекции и антимикробной терапии в сердечнососудистой хирургии.
7. Кардиология – достижения, возможности и нерешенные проблемы.
8. Влияние данных методов функциональной диагностики на результаты лечения заболеваний сердечно сосудистой системы.
9. Аускультация сердца (как правильно выслушать и дифференцировать сердечные шумы). Курс для кардиологов, терапевтов и для начинающих врачей.

Весь план курсов на 1-е полугодие 2012 года

С 2006 года к НЦССХ им. А.Н. Бакулева РАМН прикреплены 25 субъектов РФ.

Субъекты РФ, прикрепленные в 2008 году: 1. Башкортостан Республика  2. Воронежская область  3. Иркутская область  4. Ставропольский край  5. Чувашия Республика	Субъекты РФ, прикрепленные в 2009 году: 1. Архангельская область 2. Мордовия Республика 3. Орловская область 4. Ростовская область 5. Смоленская область 6. Ярославская область
Субъекты РФ, прикрепленные в 2010 году: 1. Республика Саха (Якутия) 2. Краснодарский край 3. Владимирская область 4. Калужская область 5. Нижегородская область 6. Тверская область 7. Санкт-Петербург	Субъекты РФ, прикрепленные в 2011 году: 1. Псковская 2. Томская область 3. Саратовская область 4. Республика Мари 5. Кировская 6. Приморский край 7. Омская область